在擴建布達拉宮的同時，五世達賴渴望得到中央政府支持。1643年，五世達賴就派人前往瀋陽，朝見清太宗皇太極，皇太極給達賴、班禪和固始汗等都寫了回信，並稱讚達賴喇嘛「拯濟眾生」，「扶興佛法」，還贈了厚禮。1644年順治帝即位後，派人入藏邀請五世達賴進京。

　　1652年五世達賴前往北京覲見順治皇帝，接受中央的冊封和金印。這年正月，五世達賴在清朝官員的陪同下率隨行人眾3000人，自西藏啟程，前往內地。1653年1月15日(順治九年臘月十六日)，五世達賴到達北京。順治帝以「田獵」為名，在南苑會見五世達賴時，賜坐、賜茶、賜宴，待以殊禮，當天由戶部撥供養銀9萬兩。1653年2月20日，五世達賴喇嘛離開北京時，順治帝除賜貴重厚禮外，還命人在南苑德壽寺為達賴餞行。

　　順治皇帝敕封五世達賴為「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛」。自此，「達賴喇嘛」的封號被正式確定下來。此後，歷世達賴都必須經過中央政府冊封遂成定制，確定了清朝在西藏的主權關係。

　　1653年五世達賴返回拉薩，白宮已經竣工。五世達賴便從哲蚌寺的噶丹頗章宮移居白宮頂上的西日光殿。自此以後300餘年，布達拉宮成為西藏地方政教合一的權力中心。

　　在白宮興建的同時，索朗繞登還在周圍建立了四個城堡，即天王堡、凱旋堡、福足堡和地母堡。宮前山下築方形城牆，城牆正南築有南大門，東西兩側築有兩個門，東南、西南還設有角樓。

　　重建初期的布達拉宮，在一個西方探險者的筆下被真實地繪製出來，讓後世得以瞭解其形容。1661年4月，德國耶穌會教士約翰·克魯伯與他的比利時夥伴阿爾伯特·德·奧維爾，拿著大清帝國的護照和測繪儀器從北京出發，第二年初，他們來到了拉薩。在紅山下，克魯伯畫了一幅布達拉宮的素描，這幾乎是目前唯一能夠見到白宮重建完成而紅宮尚未開工的布達拉宮外景圖。著這幅素描中，布達拉宮的規模也只佔據了紅山的上層區域，遠遠小於今日體量。

　　1682年，五世達賴在布達拉宮圓寂。攝政王第司·桑結嘉措暫不發喪，這個秘密保守了13年。1690年桑結嘉措主持了布達拉宮歷史上最重要的一次擴建——興建紅宮，以安放五世達賴的靈塔。

　　第司·桑結嘉措最初的設想極其宏大。他要以曼荼羅的方式修建這座宏偉的紅宮。曼荼羅，即藏民日常修習秘法時的「心中宇宙圖」，共有四種，即所謂的「四曼為相」，一般是以圓形或正方形為主，相當對稱，有中心點。

　　桑結嘉措希望把五世達賴的靈塔殿建成3層金頂，天窗上建築幢形佛堂，釋迦牟尼像居於中心，反映時輪法規的建築群。但是這一構想遭到了上層僧侶們的反對。因為這必將拆掉松贊干布留下的法王洞和觀音殿，並且占卜的結果也不利於桑結嘉措。如果桑結嘉措的計劃得以實施，今天的布達拉宮將更像一座「佛」的宮殿，而且中心對稱，3層高的金頂下嚴格按照曼荼羅「宇宙圖」格局安插殿宇群。但是他的計劃未能實施，在實際施工中，紅山中北部原吐蕃時期的殿宇原封未動，東西庭院則大為擴建。布達拉宮開始接近今天所呈現的面貌，耀眼的紅宮被置於白宮的西側，用以容納五世達賴的靈塔。白宮也被大規模地擴建和改建。紅白二宮的外面，庭院、長廊和向山下延伸的巨大階梯把四座孤立的城堡與主體建築聯繫在一起。

　　紅宮的營建成為中國建築史上的一件盛事。

　　當時西藏所有最傑出的匠人都參與其中。歷史記載，這些民間工藝領袖包括石匠大頭領門塔傑、木匠大頭領奈薩瓦·江央旺布、木雕大頭領白朗·貢布、銅匠大頭領羅巴·萊甘巴、金匠大頭領旺秋、金屬雕花大頭領歐珠、鑄造大頭領交熱·頓珠、畫匠大頭領門湯畫派的洛扎巴·丹珍諾布和欽仁畫派的桑阿卡巴·曾培、泥塑大頭領群培、鐵匠大頭領倉巴、縫紉大頭領熱孜夏·索南、縫紉大頭領甲日贊丹以及江夾頓珠等。康熙皇帝特別派出了114名漢族能工巧匠，以及尼泊爾工匠191人。

　　可以想像這個工程在當初是一個多麼壯觀的場面，木料、巨石通過木輪馬車浩浩蕩蕩蜂擁而來，遇拉薩河則以牛皮船渡過，大師級的匠人雲集紅山，每日有7000多匠人同時工作。

　　1693年紅宮落成，其中最為奢華的當屬五世達賴喇嘛靈塔。塔身高12.6米，塔身用金皮包裹，塔面金皮耗費黃金11.9萬餘兩，鑲嵌金剛鑽石、紅綠寶石、翠玉、珍珠、瑪瑙等奇珍異寶1.5萬餘顆。

　　此後，格魯派實力繼續壯大，各地寺院規模擴大，僧人劇增。歷代達賴喇嘛在紅宮、白宮的基礎上，陸續新建了少量建築，除六世達賴外，每位達賴圓寂都在紅宮內增添靈塔金頂。直至1933年十三世達賴圓寂，第二年其靈塔及靈塔殿完工。

　　由是，布達拉宮結束了綿延1000多年的營建時代，成了今天人們看到的樣子:代表地方政權的白宮與代表格魯派教權的紅宮比肩而立，堡壘、僧捨、營房、學校、印經廠、雪城環伺拱衛。

　　在布達拉宮的建築群中，達賴喇嘛的兩組寢宮即東西日光殿傲然屹立在白宮之巔，宮內雕樑畫棟、珠光寶氣，終日陽光照耀，猶如天國之境;供奉歷代喇嘛遺體的靈塔殿則後來居上，聳立其間。白宮和紅宮是布達拉宮建築群的靈魂，其他各類建築如眾星捧月，簇擁左右。